旗津区是台湾高雄市的一个市辖区，位于市区西南部的旗津岛上，与鼓山区、前镇区及小港区隔高雄港相望。位于南中国海的东沙群岛及南沙群岛的太平岛及中洲岛亦划归本区管辖。原本旗津岛是一个沙洲半岛，南部与台湾本岛相连，1967年因高雄港第二港口的兴建而被截断。连接旗津和前镇的高雄港过港隧道是台湾唯一的水下隧道，以沉箱式方法兴建，1984年完工通车。同样位于旗津的中洲污水处理厂是高雄市第一座污水处理厂，1987年完工启用，每天可以处理约75万公吨的污水，仍是高雄市容量最大的污水处理厂。
旗津地区在台湾清治时期至日治，为大竹里旗后街、乌松庄、中洲庄的辖区。
1673年，旗后妈祖宫建庙。清国于1862年在此设立旗后海关分关，旗后正式开港通商，万帆聚集，成为高雄的首善之区。
台湾日治时期，1898年，日本在此设立高雄第一所学校－打狗公学校（今旗津国小）。1909年设打狗区役场于旗后，但在1920年设立高雄街后，区役场被迁往哨船头。1925年，日本取“旗鼓堂皇，津粱永固”之义，改地名为“旗津”。
二次大战后，国民政府合并旗后町、平和町、绿町，改设高雄市旗津区。
旗津岛原本是和南端小港区相连的半岛，但是由于高雄港第二港口的扩建，旗津和小港之间遂崛以水道分割。1979年高雄市升格为直辖市，并将东沙岛及南沙太平岛划归旗津区管辖。1984年5月，高雄港过港隧道通车，使旗津的对外交通大为改善。
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