爱沙尼亚海事博物馆位于塔林老城的胖玛格丽特塔内，此塔曾经是塔林老城背面沿海的防御体系的一部分，在16世纪初期重建塔林中世纪城门的时候建立了此塔。这座圆型的塔楼有着155个射击口，直径为25米，高20米，城墙厚度为5米。在胖玛格丽特塔经历了不同时代的变迁中，它也曾被作为枪火和武器的仓库，以及囚禁犯人的监狱，现在则是爱沙尼亚海事博物馆。

爱沙尼亚海事博物馆展示了爱沙尼亚的船舶历史和航运史，此外，海事博物馆还包括了矿区博物馆和摆放博物馆船舶的水上飞机港口。海事博物馆的展览主要涵盖第二次世界大战卡莱弗潜艇、朱科巡逻船、弗劳恩洛布水雷舰艇、海岸警备队使用的风雷巡逻艇，以及1914年建成的蒸汽破冰船等，游客可以在这里详尽的看到有关爱沙尼亚各个历史阶段的海事装备。游客还可以登上塔顶的观景台，饱览老城及海湾的全貌。