宋绍熙年间(1191-1194)，州衙毁于大火，随后重建。明初，卫国公邓愈改为行枢密院，洪武三年(1370年)复为府治。之后，正统、崇祯曾两次大修。清乾隆二年（1737年）重修。最近的一次大修约在道光末年，至今仍保存着二堂。2009年，按照明弘治年的建筑规制，采用“原工艺、原材料、原规制”的模式在原地址对徽州府衙进行了修复。徽州府衙总占地面积2.4公顷，建筑面积9800平方米。主要包括南谯楼、仪门、公堂、二堂、知府廨组群，整体建筑气势雄伟，规模庞大，体现了徽派建筑的精髓。