49年后，协和堂董事部的负责人决定回国，遂把该堂(包括堂内布局的资产)送给中国教会。归回中国教会后，由闽南大会驻委会派人负责接用，每主日举行礼拜，但人数不多。1951年3月底，闽南驻委会接受鼓浪屿三一堂和福音堂的长执会联合申请，将协和堂交由两堂负责。1952年停止聚会。此后，协和堂交给第二医院使用。1974年4月，由于第二医院发展的需要，这座教堂差点被拆毁用于建设第二医院药剂房，但在国家一级建筑师白家欣先生极力周旋下，用貌似破坏实则保全的方法，在教堂周边加盖一些楼房，虽然教堂被楼群所遮盖，但却使教堂得以保存，等待着重见天日的一天。