林芝地区藏东南文化遗产博物馆共分为14个展厅，分别从民族服饰、农耕文化、狩猎文化、宗教信仰、建筑艺术和林芝大地上遗留下的新时期时代石器，林芝摩崖石刻，唐拉山摩崖造像、朗县烈山古墓群，工布江达太昭古城、秀巴千年古堡，米林藏药洞，波密嘎朗王等多处遗址遗迹等多个方面集中展示了藏东南各民族和民间传统文化。林芝地区藏东南文化遗产博物馆内文物、实物征集2000多件（套）、文字资料3000万字，照片2万多张、设计图200多页，创建了“一物一图一表”的实物档案。而博物馆外，则有滕网桥、苯教宝瓶、西藏岩画石、娘乳神泉、天葬台遗址、玛尼堆、南迦巴瓦神狮、乡村民居等丰富的人文景观。