三门岛有植物485种，鸟类100多种、鱼类400多种，盛产无针乌贼、梭子蟹、海胆、石斑、龙虾、鲍鱼等，是广东省水产资源保护区。三门岛有100多只山鹰、数十只野羊和野兔。