蛇口客运码头交通运输网络完善，水路：距香港（港澳码头）25海里，航行时间50分钟；距香港机场(海天码头)11海里，航行时间30分钟；距澳门(氹仔码头)25海里，航行时间60分钟；距澳门(外港码头)25海里，航行时间60分钟；距珠海（九洲港）25海里，航行时间60分钟；铁路：距深圳火车站30公里。航空：距深圳国际机场30公里。公路：有多条线路的大巴直达蛇口客运码头。

蛇口客运码头地理位置优越，交通方便，是深圳市水上客运的枢纽。现有蛇口至香港国际机场、蛇口至香港、蛇口至澳门、蛇口至珠海四条定期高速客轮航线，及不定期的周边海岛航线，并独家推出香港国际机场蛇口客运码头“预办登机服务”旅客可直接在蛇口客运码头办理从香港国际机场起飞航班的登机牌及行李托运。