博物馆总占地面积约31.8万平方米，由遗址保护展示区、洞穴岩溶景观区、综合陈列楼、“古人类生态园”等部分组成。2006年，博物馆因其古人类遗址罕见的三个不同时代的文化堆积，具有较高的科研价值和社会价值被国务院规定为全国重点文物保护单位；2012年成为“中国生态学会专业委员会生态旅游示范试验区”。
白莲洞博物馆的旅游资源主要由自然景观资源、历史文化遗产资源两部分组成，它们都是遗址历史价值和科学价值的重要载体。博物馆游览项目主要包括洞穴景观游览、遗址现场参观、“远古文明的曙光”陈列室参观、“模拟探古乐园”系列活动等。
作为世界岩溶的心脏，白莲洞地下喀斯特地貌发育良好。已开发的白莲洞溶洞是一巨大的岩窟洞厦，从上到下，潺潺流水之声不绝于耳，峡谷绝壁险峻又高耸，各种各样的喀斯特景观琳琅满目：薄石屏、石幔、钟乳石、石笋、石柱、石坝、方解石结晶、石花石果等，形态各异、争奇斗艳，气象万千；洞穴内有千万年前因流水穿透了岩层形成的平顶大圆厅，有流水拍打岸边在石壁上留下的痕迹；岩壁上有几亿年前残留的海底生物化石。
