黄道周纪念馆建于明代崇文书院原址之上(崇文书院，始建于明正德元年，为东山历史上三大书院之一，黄道周童年曾就读于此，清康熙初年实行“迁界”政策，书院遂废。)，与宝智寺、关帝庙相毗邻。该馆建筑面积800平方米，占地面积约1千平方米，属泥石结构仿古建筑，红墙绿瓦，颇为壮观。入门处有原全国人大副委员长彭冲题写的馆名。馆内庭院植果木花草，拜台上立黄道周塑像。塑像后为中堂，上有刘海粟题写的匾额“节义千秋”。中堂石柱上镌有黄典诚和陈寿祺教授所赠对联。该馆于1985年东山县举行黄道周诞辰400周年纪念活动奠基于建，1988年竣工开馆。1996年设黄道周史迹展。

黄道周纪念馆陈列内容分为五部。序部主要介绍黄道周生平，有黄道周年表、黄道周字、号、室名、谥及部分印章、黄道周亲族世系图等。第一部：少而好学、日出之阳。以道周故里、从兄耕读、求学博罗、闽海才子、含泪焚稿、专心致志、杜门撰述、神游太空等历史镜头，连贯地展示少年时期的黄道周。第三部：尽言报国、节义千秋。以一系列历史镜头、黄道周奏疏选录、黄道周抗清进军图和有关资料，展示了黄道周一生的政治生涯。第三部：一代宗师，万世景仰。以一组历史镜头重现黄道周一生曾于东山故乡、漳浦北山墓庐、杭州大涤书院、漳州紫阳学堂、江东邺山讲堂、漳浦明诚堂等处讲学授业的活动。第四部：吸取精华，发扬光大。以大量的历史资料展示历代对黄道周的研究成果和评价。