航空
新加坡、马来西亚、泰国、香港、中国、巴基斯坦、欧洲和北美各国都有飞往印尼的航班，印尼国内各大城市间也都有航班相通，雅加达、泗水、棉兰、丹巴刹之间每天有多个航班来往。
铁路
印尼铁路多集中在爪哇岛，北线从雅加达经井里汶、三宝垄到泗水；南线从雅加达，经万隆、日惹到泗水，列车都是夕发朝至。
公路
爪哇岛和苏门答腊岛上公路交通较发达，从雅加达、万隆、泗水等中心城市有通往周边地区的短距离高速公路，各大城市间有长途汽车往来。
水运
印尼是个岛国，各主要岛屿间大多依靠轮渡和客轮相通，轮渡还可搭载游客的汽车。如走陆路从爪哇岛去苏门答腊岛，游客可先乘车至西爪哇北部西端的孔雀（Merak）港，然后搭乘轮渡穿过巽达海峡，到达苏门答腊南部楠榜省的巴果亥尼(Bakauheni)。从爪哇岛去巴厘岛，可从爪哇岛东端的外南梦（Banyuwangi）搭乘轮渡穿过巴厘海峡，到达巴厘岛西端的吉利马奴克（Gili-manuk）。