航空
到日本去的最为方便的交通工具是乘坐飞机。
日本主要的国际机场是成田国际机场和位于大阪近郊的关西国际机场。从这两个机场出发，有很多搭乘方便的飞往日本国内各城市的飞机航班。日本的航空公司——日本航空（JAL）、全日空（ANA）、日本 AIR SYSTEM（JAS）都有连接欧洲、亚洲和美洲各主要城市的庞大的航线网络。另外，世界各国的主要航空公司也有飞往日本各主要城市的飞机航班。
从东京到各主要城市所需的时间
东京－汉城 约2个半小时
东京－洛杉矶 约9个半小时
东京－纽约 约12个半小时
东京－里约热内卢 约24个半小时(经由)
东京－温哥华 约8个半小时
东京－莫斯科 约10个小时
东京－法兰克福 约12个小时
东京－伦敦 约13个小时
东京－马德里 约17个半小时(经由)
东京－巴黎 约13个小时
东京－罗马 约12个半小时
东京－维也纳 约12个小时
东京－曼谷 约7个小时
东京－北京 约4个小时
东京－香港 约5个小时
东京－悉尼 约9个半小时
从成田国际机场到首都市中心区的交通工具
从关西国际机场到市中心区的交通工具
铁路
日本的铁路铁路总长4.7万公里，铁路中的新干线是长距离客运的主要交通手段，也是向外国旅客推荐的主要交通工具。新干线每隔十几分钟就有一班从东京开往国内各主要城市的列车。
新干线被人们称为“理想的超级特快”，线路有东京至大阪间的东海道新干线、大阪至博多间的山阳新干线、大宫至盛冈间的东北新干线、大宫至新泻间的上越新干线和福岛至山形间的山形新干线等等。此外，在日本的主要大城市中，地铁交织如网，遍布各处，较汽车更为迅捷、准时、方便。
日本的列车车票价格除了根据乘坐距离远近而不同之外，乘坐特快列车、快车等种类的列车和乘坐绿色列车(头等列车)、对号入座车、卧车等座席种类有所不同的列车时还要另外增加支付费用。
短途旅客的列车车票可以在各车站的自动售票机处购买。短途旅客的列车车票可以在各车站的自动售票机购买，而长途列车车票则要到车站内的“绿色窗口”处购买。
东京周围的主要铁路公司
箱根方向 小田急电铁(Odakyu Electric Railway)
日光方向 东武铁道(Tobu Railway)
成田国际机场 京成电铁(Keisei Electric Railway)
东京国际(羽田)机场 京滨急行电铁(Keihin Electric Express Railway)
在东京的市中心区移动时方便的地铁 东京地铁(Tokyo Metro)
大阪周围的主要铁路公司
奈良方向 近铁／近畿日本铁道(Kintetsu Railways/Kinki Nippon Railway)
京都方向 京阪电铁(Keihan Railways)
神户方向 阪急电铁(Hankyu Electric Railways)
关西国际机场 南海电铁(Nankai Electric Railways)
日本铁路周游券
有了日本铁路周游券以后，就可以几乎是毫无限制地(新干线的新型特快列车"希望号(Nozomi)"除外)接连乘坐与JR有关的巴士和轮渡了。
日本铁路周游券的票价
有效期间 普通车 绿色列车
7天 28,300日元 37,800日元
14天 45,100日元 61,200日元
21天 57,700日元 79,600日元
小贴士：准备到日本来旅行的外国旅客必须事先在海外的日本旅行社代理店买好"周游券的兑换票"。外国旅客到了日本以后，要去指定的日本国内换票处(JTB International、日本旅行、近畿日本Tourist、东急观光等的海外办事处以及跟上述这些旅行服务公司有合作关系的当地地方旅行社)，凭事先买好的"周游券的兑换票"，并出示盖有"临时逗留者"印章的护照，换取日本铁路周游券。
公路
高速公路非常发达，以东京至小牧、小牧至西宫、吹田至下关的公路为首，东北纵贯、九州纵贯、北陆中央等都已全线贯通。此外，还有东京内的首都高速、连接各高速公路的外环高速等，每年都有新的高速公路建成。
从东京到各主要城市之间所需的时间
出发地 目的地 所需时间
东京：JR新宿车站 JR仙台车站 5.5
东京：JR东京车站 鹿岛神宫车站 2
东京：JR东京车站 JR静冈车站 3
东京：JR东京车站 JR名古屋车站 6
东京：JR新宿车站 京都车站 7
东京：JR池袋车站 大阪：JR梅田车站 8
东京：JR东京车站 JR神户车站 9
东京：JR新宿车站 福冈：西铁福冈车站 14.5
水运
日本有几家轮船公司开设有从国内主要港口通往俄罗斯、韩国和中国各港口城市的定期航班。尤其是从日本的福冈市和下关市到韩国，有轮渡和高速轮船在通航。
日本—韩国之间的轮船航线 区间 所需时间 航班数
下关港—釜山港(车辆轮渡) 约9小时30分钟 每天往返一次
博多港—釜山港(轮渡) 约9小时20分钟 每星期开航3天
博多港—釜山港(高速轮船) 约3小时 每天开航(3—4往返)
其它
公交车：
在日本，无论白天还是黑夜，城市间的长途汽车班次都很多，而且票价相对飞机、火车要便宜，建议旅游时间比较宽裕的游客选择。
在城市内部会有不同汽车公司运行的定时汽车线路。各家公司的车费不一样，但是在市内行驶的公交车票价一般在200日元上下。
电车：
日本电车套票适用于日本铁路经过的所有路线，并可以在有效期限之内不限次数使用，套票分为绿色（37800日元/7天）、普通（28300/7天）两种，持有绿色套票者，乘特等车或舱室时不需另外付费。6-11岁儿童票为成人票价的一半。
出租车：
日本城市出租车数量庞大，而各地车站、机场都设有出租车的专门站点，可以说是非常方便的交通工具之一。
由于日本车辆是靠左行驶，所以乘客要从车辆左侧后门上下，而司机会主动给乘客开关车门，敬请留意。
汽车租赁：
大部分的城市，以及机场和车站，都有汽车租赁公司提供服务。您在出示自己的国际通用驾驶执照之后就可以租赁车辆旅行日本了；但要事先预约。
小贴士：日本的汽车靠左行驶，走高速道路要收费。